'CloseExplorer.vbs
Option Explicit
On Error Resume Next

Dim objShell, objWindow
Dim Cnt

Set objShell = CreateObject("Shell.Application")

Do
    For Each objWindow In objShell.Windows
        'エクスプローラーのみ閉じる
        If TypeName(objWindow.document) = "IShellFolderViewDual3" Then
            objWindow.Quit
            Cnt = Cnt + 1
        End If
    Next
    If Cnt = 0 Then Exit Do
    Cnt = 0
Loop

Set objShell = Nothing

'cf.
'https://r2z.hateblo.jp/entry/20100731/p1
'
'追記
'この記事を書いていた頃はWindows XPを使っていました。追記している2018年現在、Windows 10が主流ですが、上記のままではエクスプローラーを閉じることが出来ません。
'「IShellFolderViewDual2」の部分を「IShellFolderViewDual3」にすることで閉じることが出来ます。今後もし数字の部分が増えていくのなら、「InStr(TypeName(objWindow.document), "IShellFolderViewDual")」とでもした方が良いかもしれません。